Eine Geschlechtsidentitätsstörung ist ein psychisches Krankheitsbild, das die geschlechtliche Identität einer Person betrifft. Betroffene haben z. B. das Gefühl, mit dem falschen Geschlecht geboren worden zu sein oder fühlen sich dem anderen Geschlecht zugehörig. Unter den Begriff der Geschlechtsidentitätsstörung fallen z.B. Transsexualismus, also das Gefühl, physiologisch das falsche Geschlecht zu haben, und der Transvestitismus, also das Bedürfnis, die Kleidung des anderen Geschlechts zu tragen.
Viele Personen, die unter einer Geschlechtsidentitätsstörung leiden, berichten, dass die damit verbundenen Gefühle bereits seit der Kindheit vorhanden sind. Hierbei handelt es sich häufig um das unspezifische Gefühl, dass etwas am eigenen Körper „nicht richtig“ ist. Da diese Kinder dann meist schon sehr früh versuchen, ihre gegengeschlechtlich ausgerichteten Neigungen auszuleben, indem sie ihr Verhalten und ihr Aussehen dem des anderen Geschlechts anpassen, entstehen oftmals Probleme mit der Umwelt. Häufig sind es die eigenen Eltern, die ein derart geschlechtsuntypisches Verhalten nicht akzeptieren, so dass die Kinder häufig ihre Wünsche unterdrücken, was letztendlich zu verschiedenen psychischen Problemen wie Depressionen oder autoaggressivem Verhalten (selbstbeigebrachte Verletzungen) führen kann.
Auch wenn die Möglichkeit zum Ausleben der Neigungen gegeben wird, führt dies in der Regel zu starken Irritationen im sozialen Umfeld und somit häufig zur Isolation der Betroffenen.
Geschlechtsidentitätsstörungen sind von der Intersexualität zu trennen. Dieser Begriff bezeichnet Personen, bei denen während der Embryonalphase Geschlechtsorgane beider Geschlechter angelegt werden. Diese Fehlentwicklung, die sehr selten ist, wird häufig direkt nach der Geburt operativ behandelt, indem die Geschlechtsteile des Säuglings chirurgisch an ein Geschlecht angepasst werden. Da jedoch neben den Geschlechtsorganen auch die entsprechenden Nervenleitbahnen zum Gehirn gebildet wurden, die auch nach der Entfernung der „falschen“ Geschlechtsteile erhalten bleiben, entwickeln diese Kinder im späteren Leben häufig Symptome, die denen der Geschlechtsidentitätsstörung gleichen.
In der Wissenschaft gibt es bisher kaum gesicherte Daten zu den Ursachen der Störungen. Viele Experten gehen davon aus, dass die Ursachen primär im psychischen Bereich liegen und eine Vielzahl von Faktoren eine derartige Störung hervorrufen kann.