Bei der Endometriose befindet sich Schleimhaut, die der Gebärmutterschleimhaut gleicht, außerhalb der Gebärmutterhöhle, vor allem im Bereich der Geschlechtsorgane (Wand der Gebärmutter, Eileiter, Eierstöcke, Scheide, Gebärmutterbänder) aber auch am Bauchfell und im Bereich der Harnblase. Gelegentlich sind auch andere Körperregionen wie Darm, Lunge, Leber und Nieren, Harnleiter, Haut oder Nabelbereich betroffen (s. Abb.).
Unter dem Einfluss der weiblichen Hormone verändert sich während des Monatszyklus nicht nur die Schleimhaut in der Gebärmutter, sondern auch das Endometriosegewebe. Es schwillt an und sondert während der Regelblutung (ebenso wie die Gebärmutterschleimhaut) Blut und Teile der Schleimhaut ab. Das Blut und das Gewebe sammeln sich im Bereich der Endometrioseherde und können nach einiger Zeit Beschwerden verursachen.
Sind die Eierstöcke von der Endometriose betroffen, können durch die regelmäßige Blutabsonderung bräunlich gefärbte Hohlräume (Zysten) entstehen, die die Endometrioseabsonderungen einschließen (sog. „Schokoladenzysten“).
Die Endometriose verursacht immer wiederkehrende Schmerzen im Unterleib, im Gebiet der Eierstäcke, des Darms, eine Reizblase, Schmerzen während des Geschlechtsverkehrs oder bei Untersuchungen. Die Beschwerden treten häufig gleichzeitig oder wenige Tage vor der Regelblutung auf und halten u. U. bis zum Ende der Monatsblutung an. Sie können gelegentlich sehr ausgeprägt sein. Des Weiteren kann die Erkrankung zu Verwachsungen der Bauchorgane, Verklebungen der Eileiter oder Störungen an den Eierstöcken führen, die bei 50 % der Frauen Ursache für ungewollte Kinderlosigkeit sind.